دانشگاه خاتم در تاریخ 20/11/1375 به همت جمعی از اساتید باتجربه دانشگاه شریف، پس از اخذ مجوز شورای عالی انقلاب فرهنگی و همچنین موافقت وزارت علوم، تحقیقات و فناوری بهنام موسسه آموزشی عالی بزرگ خاتم به ثبت رسید و فعالیت آموزشی خود را رسماً از بهمن ماه 1376 در 4 مطع کارشناسی ارشد آغاز نمود که تا سال 1385 ادامه داشت. این دانشگاه پس از یک وقفه 5 ساله در پذیرش دانشجو، از سال 1391 با حمایت بانک پاسارگاد و با رویکردی جدید، مجدداً اقدام به پذیرش دانشجو نمود. در سال 1394 با ارائه کارنامه فعالیتهای آموزشی و پژوهشی اعم از کمّی و کیفی و گسترش رشتهها و دانشکدهها و جذب هیئت علمی تمام وقت، شورای گسترش آموزش عالی با ارتقا سطح موسسه به دانشگاه موافقت کرد. در حال حاضر این دانشگاه با 3 دانشکده، شامل 15 گروه و 50 رشته در حال فعالیت است و بر اساس سطح‌بندی صورت گرفته، در سطح یک موسسات آموزشی و دانشگاه‌های غیر دولتی قرار دارد.
ساختمان دانشگاه خاتم مجهز به امکانات پیشرفته و نوینی همچون کتابخانه وسیع دیجیتالی است و گذشته از آن حدود 12000 جلد کتاب فارسی و 5000 جلد کتاب لاتین در مخزن این کتابخانه برای استفاده دانشجویان، اساتید و پژوهشگران وجود دارد. لابراتوار پیشرفته آموزش زبان و سایت کامپیوتری این دانشگاه در کنار دیگر امکانات و خدمات فضای قابل توجهی را پیشروی دانشجویان و دانشپژوهان قرار داده است. علاوه بر این لابراتوارهای دیگری از جمله اینترنت اشیا، آزمایشگاه برق، آزمایشگاه بلاکچین، آزمایشگاه شبکه و رایانش ابری، آزمایشگاه هوش مصنوعی و رباتیک و لابراتوار ریسک با حمایت دانشگاه و همت اساتید بهنام جهت بهرهمندی دانشجویان و پیشبرد اهداف علمی فراهم آمده است. علاوه بر اینها مرکز برگزاری آزمونهای بینالمللی اقدام به برگزاری آزمونهای TOFEL و GRE در این دانشگاه مینماید. همچنین فضاهای آموزشی و کلاسها با بهترین کیفیت و با بهروزترین تجهیزات در اختیار دانشجویان و اساتید قرار دارد.
فعالیتهای پژوهشی در این دانشگاه به صورت گسترده در سطح نظری و عملی و با هدف تحقق اهداف کشور رو به توسعه است. در سطح نظری و تولید علم بالغ بر 1000 مقاله در مجلات و کنفرانس‌های معتبر داخلی و خارجی توسط اساتید، دانشجویان و پژوهشگران دانشگاه خاتم منتشر شده است. همچنین دورههای آموزشی و کارگاه‌های متعدد ملی و بینالمللی جهت ارتقا سطح دانش متخصصان کشور در این دانشگاه برگزار میشود.
راهاندازی آزمایشگاه آموزشی- تحقیقاتی اتوماسیون صنعتی و امنیت سایبری شبکههای صنعتی برای اولین بار در ایران، راهاندازی مرکز هوش مصنوعی و رباتیک به صورت کاملاً اجرایی در خصوص پروژههای ساخت ربات، راهاندازی مرکز پژوهشهای کاربردی در مهندسی برق، عقد قراردادهای ارتباط با صنعت تحت عناوین “تحقیق و پژوهش جهت راهاندازی ربات انساننما بابت ارائه خدمات بانکی” و “تحقیق و پژوهش برای توسعه نرمافزاری ربات انساننما (ربات Papper- با نام مستعار پاسار”)، کسب عنوان نخست در سابقات Robocup 2021 در بخش Standard Platform، ثبت اختراع تحت عنوان “دستگاه اتوماسیون خط تولید برای تشخیص صحت نرمافزار ECU خودرو بر مبنای بینایی ماشین” از جمله دستاوردهای پژوهشی کاربردی دانشگاه خاتم است.
از سوی دیگر در صد بالایی از دانشجویان کارشناسی ارشد این دانشگاه، موفق به دریافت پذیرش و ادامه تحصیلات در مقطع تحصیلی دکتری در دانشگاه‌های معتبر داخلی و خارجی شده‌اند.
تمامی برنامهریزیها و خدمات دانشگاه خاتم در راستای پیشبرد اهداف بلند مدت جامعه و ارتقای سطح دانش علمی و عملی دانشجویان و پژوهشگران این عرصه است و از هیچ تلاشی در این مسیر فروگذار نخواهد بود.